El Ministerio de Ciencia y Tecnología se estableció en 1986 en un primer periodo como un Programa Nacional de Ciencia y Tecnología 1986-1990, durante este periodo se estructuró el Sistema Nacional de Ciencia y Tecnología, integrado por el conjunto de instituciones cuyas actividades se enmarcan en el campo de la ciencia y la tecnología, se incrementó sustancialmente la inversión en actividades de investigación y desarrollo.
En el segundo período, 1990-1994 orienta su quehacer a obtener un mayor dominio sobre las tecnologías adquiridas, en donde la ciencia y la tecnología permitieron lograr un mayor grado de eficiencia y eficacia en el sector público, aumentando a su vez la competitividad y crecimiento del sector productivo nacional. A principios de este periodo se promulga la Ley 7169 de Promoción del Desarrollo Científico y Tecnológico, incorporando la cartera de Ciencia y Tecnología, mediante modificación a la Ley General de Administración Pública.
En la tercera etapa, 1994-1998, el Ministerio de Ciencia y Tecnología, impulsa un planteamiento estratégico que se dirige al fomento y apoyo del desarrollo de la competitividad en el país, y se sustenta en el Plan Nacional de Ciencia, Tecnología, Calidad, Productividad e Innovación "Hacia un desarrollo nacional sostenible orientado por los nuevos requerimientos de competitividad y las necesidades nacionales", donde el consenso, la interacción y el trabajo grupal entre los sectores, gestó un nuevo enfoque político y organizacional.
En la cuarta etapa, 1998-2002, el Ministerio ha liderado los planteamientos emitidos en el "Programa Nacional de Ciencia y Tecnología: Por el conocimiento hacia el Desarrollo" y principalmente en los últimos años, ha centrado su accionar en el desarrollo de las Tecnologías de información y de las Telecomunicaciones como instrumentos por excelencia de la transformación de la sociedad y el desarrollo económico del país.
El nivel alcanzado por el Ministerio de Ciencia y Tecnología, en los diferentes periodos desde su creación, ha sido posible principalmente por la acción coordinada con los sectores privados, académico y público y plantea los diferentes programas que constituyen el accionar del Ministerio.